Saisi dès le 24 mars 1900, par le Bürgermeister RIEGERT, le conseil municipal émit un vote en faveur de la construction d'une nouvelle gare d'après un projet Projet d'une nouvelle gare présenté par la Reichsbahn. L'emplacement proposé était situé à quelques centaines de mètres plus au sud.

Les négociations furent rondement menées. Le ministre des transports du Reich, Paul von BREITENBACH, viendra en personne à Colmar pour discuter avec les représentants de la Municipalité, les deux parties en présence cherchant, bien entendu, à réduire leur propre part de financement. Les dépenses se chiffrèrent finalement à 5 525 000 marks (or) pour l'Etat allemand et à 150 000 marks pour la ville (pour l'achat de maisons et de terrains). Une proportion fort avantageuse pour la ville.

Par soucis d'économie, les architectes s'inspirèrent des plans de la gare de Dantzig (Gdansk), Gare de Dantzigville polonaise annexée à la Prusse de 1815 à 1919.

Les travaux débutèrent en 1902, sous la direction de Ludwig DRUM (Kaiserliche Bau-und Betriebsinspektion) et de ses adjoints WALTER et ZIEGLER, (technische Bauführer).

L'entrepreneur principal fut Ch. MATTER; beaucoup d'entreprises colmariennes furent associées aux travaux. La gare de marchandises est ouverte en février 1904.

La nouvelle gare des voyageurs a été ouverte au trafic  le 1er mai 1907.

Structurée en trois parties, elle aura une longueur de 103 mètres et sa tour une hauteur de 36 mètres. Le hall principal s'étendra sur 250 mètres carrés.

Le bâtiment construit en grès  de Pfalsbourg et en brique est décoré de nombreux motifs architecturaux dont l'aigle impérial avec l'inscription "Erbaut 1905-1906".

Le tout est complété d'un vaste buffet et de salles d'attente pour les  quatres classes de voyageurs. Il existait même une salle de relaxation pour les non-fumeurs.